MEME

MEME - Motif discovery tool

MEME version 3.0 (Release date: 2002/04/02 00:11:59)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the MEME software please access http://meme.sdsc.edu.

This file may be used as input to the MAST algorithm for searching sequence databases for matches to groups of motifs. MAST is available for interactive use and downloading at http://meme.sdsc.edu.

REFERENCE

If you use this program in your research, please cite:

Timothy L. Bailey and Charles Elkan, "Fitting a mixture model by expectation maximization to discover motifs in biopolymers", Proceedings of the Second International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, pp. 28-36, AAAI Press, Menlo Park, California, 1994.

TRAINING SET

DATAFILE= agr3_sub.fasta
ALPHABET= ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY
Sequence name            Weight Length  Sequence name            Weight Length  
-------------            ------ ------  -------------            ------ ------  
A.thaliana               1.0000    865  C.elegans                1.0000    729  
D.melanogaster           1.0000    808  H.sapiens                1.0000    786  
A.aeolicus               1.0000    692  M.thermoautotrophicum    1.0000    677  
B.subtilis               1.0000    689  D.radiodaurans           1.0000    690  
M.tuberculosis           1.0000    673  A.fulgidus               1.0000    642  
A.pernix                 1.0000    681  Hthio                    1.0000    105

COMMAND LINE SUMMARY

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problem with the MEME software.

command: meme agr3_sub.fasta -protein -nmotifs 10 

model:  mod=         zoops    nmotifs=        10    evt=           inf
object function=  E-value of product of p-values
width:  minw=            8    maxw=           50    minic=        0.00
width:  wg=             11    ws=              1    endgaps=       yes
nsites: minsites=        2    maxsites=       12    wnsites=       0.8
theta:  prob=            1    spmap=         pam    spfuzz=        120
em:     prior=       megap    b=           40185    maxiter=        50
        distance=    1e-05
data:   n=            8037    N=              12

sample: seed=            0    seqfrac=         1
Dirichlet mixture priors file: prior30.plib
Letter frequencies in dataset:
A 0.092 C 0.013 D 0.061 E 0.080 F 0.044 G 0.072 H 0.028 I 0.039 K 0.053 
L 0.102 M 0.024 N 0.031 P 0.047 Q 0.032 R 0.059 S 0.062 T 0.045 V 0.059 
W 0.018 Y 0.038 
Background letter frequencies (from dataset with add-one prior applied):
A 0.092 C 0.013 D 0.061 E 0.080 F 0.044 G 0.071 H 0.029 I 0.039 K 0.053 
L 0.102 M 0.024 N 0.031 P 0.047 Q 0.032 R 0.059 S 0.062 T 0.045 V 0.059 
W 0.018 Y 0.038

P N
MOTIF 1 width = 50 sites = 11 llr = 1400 E-value = 7.7e-351

NAME	START	P-VALUE				SITES
			Simplified	A	:	:	:	:	1	8	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	1	:	a	:	3	:	a	1	2	:	1	:	:	:	:	:	:	:	:	:	1	1	:	:	:	:	:	:	:	5	:	:	:	:
			pos.-specific	C	:	:	:	:	:	:	1	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	a	:	:	a	:	:	:	:	:	:	:	:
			probability	D	:	:	:	:	:	:	2	1	:	:	7	:	:	:	:	:	1	1	:	:	1	:	:	:	1	:	5	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:
			matrix	E	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	1	:	:	1	:	:	5	8	:	:	4	3	:	:	1	5	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	5	1	a	:	:
				F	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	2	:	:	:	:	:	:	9	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	6	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	a
				G	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	8	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	a	1	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:
				H	:	:	:	:	9	:	3	:	:	:	1	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	a	:	:	a	:	:	:	4	:	:	:
				I	:	:	:	:	:	:	:	:	:	1	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	1	7	:	:	:	5	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:
				K	:	:	:	1	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	1	7	:	4	3	:	:	7	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	3	:	:	:
				L	:	a	6	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	1	:	:	:	1	:	1	:	:	:	:	4	8	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:
				M	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	1	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	1	a	:	:	:	:	:
				N	:	:	:	:	:	:	2	8	:	:	1	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	1	4	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:
				P	:	:	:	:	:	:	:	:	a	:	:	:	:	8	:	:	2	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	9	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:
				Q	:	:	:	9	:	1	:	1	:	:	:	:	1	1	:	:	2	1	:	:	1	:	:	:	1	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	1	:	:	:	:
				R	:	:	4	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	1	:	:	5	2	3	1	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	2	:	:	:
				S	:	:	:	:	:	1	:	:	:	:	:	:	:	:	:	1	:	:	:	:	:	:	:	:	1	:	:	:	:	:	:	:	a	:	:	:	8	1	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	a	:
				T	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	1	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	7	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:
				V	:	:	:	:	:	:	:	:	:	9	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	3	:	3	:	2	:	5	:	:	1	:	:	:	:	:	:	9	:	:	1	:	:	:
				W	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	a	1	:	a	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	1	:	:	a	:	:	:	:	:	:	:	:	:
				Y	a	:	:	:	:	:	3	:	:	:	:	:	5	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	9	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:	:
.
			bits	6.3
				5.6
				5.0
				4.4
			Information	3.8
			content	3.1
			(183.6 bits)	2.5
				1.9
				1.3
				0.6
				0.0
.
			Multilevel		`Y`	`L`	`L`	`Q`	`H`	`A`	`H`	`N`	`P`	`V`	`D`	`W`	`Y`	`P`	`W`	`G`	`E`	`E`	`A`	`F`	`E`	`K`	`A`	`R`	`K`	`E`	`D`	`K`	`P`	`I`	`F`	`L`	`S`	`V`	`G`	`Y`	`S`	`T`	`C`	`H`	`W`	`C`	`H`	`V`	`M`	`A`	`H`	`E`	`S`	`F`
			consensus				`R`				`Y`														`A`	`E`		`K`		`R`	`N`	`V`		`V`	`L`			`I`												`E`	`K`
			sequence


.

A.aeolicus	15	5.58e-62	`PNRLIKEKSP`		`Y`	`L`	`R`	`Q`	`H`	`A`	`Y`	`N`	`P`	`V`	`D`	`W`	`Y`	`P`	`W`	`G`	`E`	`E`	`A`	`F`	`K`	`K`	`A`	`K`	`E`	`E`	`D`	`K`	`P`	`I`	`F`	`L`	`S`	`I`	`G`	`Y`	`S`	`T`	`C`	`H`	`W`	`C`	`H`	`V`	`M`	`E`	`K`	`E`	`S`	`F`	`EDPEIAEILN`
D.melanogaster	86	2.51e-61	`GNRLVASKSP`		`Y`	`L`	`L`	`Q`	`H`	`A`	`Y`	`N`	`P`	`V`	`D`	`W`	`Y`	`P`	`W`	`G`	`E`	`E`	`A`	`F`	`E`	`K`	`A`	`R`	`S`	`E`	`N`	`K`	`I`	`I`	`F`	`L`	`S`	`V`	`G`	`Y`	`S`	`T`	`C`	`H`	`W`	`C`	`H`	`V`	`M`	`E`	`H`	`E`	`S`	`F`	`ENPETAAIMN`
A.thaliana	170	1.02e-60	`TNRLAAEHSP`		`Y`	`L`	`L`	`Q`	`H`	`A`	`H`	`N`	`P`	`V`	`D`	`W`	`Y`	`P`	`W`	`G`	`E`	`E`	`A`	`F`	`E`	`E`	`A`	`R`	`K`	`R`	`D`	`V`	`P`	`I`	`F`	`L`	`S`	`I`	`G`	`Y`	`S`	`T`	`C`	`H`	`W`	`C`	`H`	`V`	`M`	`E`	`V`	`E`	`S`	`F`	`EDEEVAKLLN`
C.elegans	27	2.48e-60	`KNRLGQEKSP`		`Y`	`L`	`L`	`Q`	`H`	`A`	`N`	`N`	`P`	`I`	`D`	`W`	`Y`	`P`	`W`	`G`	`Q`	`E`	`A`	`F`	`Q`	`K`	`A`	`K`	`D`	`N`	`N`	`K`	`P`	`I`	`F`	`L`	`S`	`V`	`G`	`Y`	`S`	`T`	`C`	`H`	`W`	`C`	`H`	`V`	`M`	`E`	`K`	`E`	`S`	`F`	`ENEATAKILN`
H.sapiens	72	3.83e-60	`PNRLIHEKSP`		`Y`	`L`	`L`	`Q`	`H`	`A`	`Y`	`N`	`P`	`V`	`D`	`W`	`Y`	`P`	`W`	`G`	`Q`	`E`	`A`	`F`	`D`	`K`	`A`	`R`	`K`	`E`	`N`	`K`	`P`	`I`	`F`	`L`	`S`	`V`	`G`	`Y`	`S`	`T`	`C`	`H`	`W`	`C`	`H`	`M`	`M`	`E`	`E`	`E`	`S`	`F`	`QNEEIGRLLS`
B.subtilis	17	6.77e-60	`PNRLINEKSP`		`Y`	`L`	`L`	`Q`	`H`	`A`	`H`	`N`	`P`	`V`	`D`	`W`	`F`	`P`	`W`	`G`	`E`	`E`	`A`	`F`	`E`	`K`	`A`	`K`	`R`	`E`	`N`	`K`	`P`	`V`	`L`	`V`	`S`	`I`	`G`	`Y`	`S`	`T`	`C`	`H`	`W`	`C`	`H`	`V`	`M`	`A`	`H`	`E`	`S`	`F`	`EDEEIARLLN`
M.thermoautotrophicum	16	4.03e-55	`TNSLIKEKSP`		`Y`	`L`	`L`	`Q`	`H`	`A`	`H`	`N`	`P`	`V`	`N`	`W`	`Y`	`P`	`W`	`G`	`D`	`D`	`A`	`F`	`R`	`K`	`A`	`L`	`A`	`E`	`R`	`K`	`P`	`I`	`F`	`L`	`S`	`I`	`G`	`Y`	`S`	`T`	`C`	`H`	`W`	`C`	`H`	`V`	`M`	`A`	`R`	`E`	`S`	`F`	`ENPEIADILN`
D.radiodaurans	26	2.89e-54	`PNRLAQESSP`		`Y`	`L`	`L`	`Q`	`H`	`Q`	`D`	`N`	`P`	`V`	`D`	`W`	`W`	`P`	`W`	`S`	`P`	`E`	`A`	`F`	`A`	`E`	`A`	`R`	`Q`	`R`	`D`	`V`	`P`	`V`	`L`	`L`	`S`	`V`	`G`	`Y`	`S`	`T`	`C`	`H`	`W`	`C`	`H`	`V`	`M`	`A`	`H`	`E`	`S`	`F`	`ENERTAAFMN`
A.pernix	13	6.39e-52	`PNRLAEAGSR`		`Y`	`L`	`R`	`Q`	`H`	`S`	`C`	`D`	`P`	`V`	`D`	`W`	`M`	`P`	`W`	`G`	`A`	`E`	`A`	`F`	`E`	`K`	`A`	`R`	`R`	`L`	`D`	`K`	`P`	`V`	`F`	`V`	`S`	`V`	`G`	`Y`	`S`	`S`	`C`	`H`	`W`	`C`	`H`	`V`	`M`	`Q`	`R`	`E`	`S`	`F`	`SDPMVAEVLN`
A.fulgidus	12	1.19e-47	`VNRLINSRSP`		`Y`	`L`	`R`	`K`	`A`	`A`	`N`	`Q`	`P`	`V`	`E`	`W`	`F`	`E`	`W`	`G`	`E`	`E`	`A`	`F`	`A`	`K`	`A`	`K`	`K`	`E`	`D`	`K`	`P`	`I`	`L`	`L`	`S`	`I`	`G`	`G`	`V`	`W`	`C`	`H`	`W`	`C`	`H`	`V`	`M`	`A`	`K`	`E`	`S`	`F`	`ENEEIAEMIN`
M.tuberculosis	19	3.14e-45	`TNTLALATSP`		`Y`	`L`	`R`	`Q`	`H`	`A`	`D`	`N`	`P`	`V`	`H`	`W`	`Q`	`Q`	`W`	`T`	`P`	`Q`	`A`	`L`	`A`	`E`	`A`	`A`	`A`	`R`	`A`	`V`	`P`	`I`	`L`	`L`	`S`	`V`	`G`	`Y`	`A`	`A`	`C`	`H`	`W`	`C`	`H`	`V`	`M`	`A`	`H`	`E`	`S`	`F`	`DDDEVAAAMN`

Motif 1 block diagrams

Name

Lowest
p-value

Motifs

A.aeolicus

5.6e-62

D.melanogaster

2.5e-61

A.thaliana

1e-60

C.elegans

2.5e-60

H.sapiens

3.8e-60

B.subtilis

6.8e-60

M.thermoautotrophicum

4e-55

D.radiodaurans

2.9e-54

A.pernix

6.4e-52

A.fulgidus

1.2e-47

M.tuberculosis

3.1e-45

SCALE

\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|
1	25	50	75	100	125	150	175	200	225	250	275	300	325	350	375	400	425	450	475	500	525	550	575	600	625	650	675	700	725	750	775	800	825	850

Motif 1 in BLOCKS format

BL   MOTIF 1 width=50 seqs=11
A.aeolicus               (   15) YLRQHAYNPVDWYPWGEEAFKKAKEEDKPIFLSIGYSTCHWCHVMEKESF  1 
D.melanogaster           (   86) YLLQHAYNPVDWYPWGEEAFEKARSENKIIFLSVGYSTCHWCHVMEHESF  1 
A.thaliana               (  170) YLLQHAHNPVDWYPWGEEAFEEARKRDVPIFLSIGYSTCHWCHVMEVESF  1 
C.elegans                (   27) YLLQHANNPIDWYPWGQEAFQKAKDNNKPIFLSVGYSTCHWCHVMEKESF  1 
H.sapiens                (   72) YLLQHAYNPVDWYPWGQEAFDKARKENKPIFLSVGYSTCHWCHMMEEESF  1 
B.subtilis               (   17) YLLQHAHNPVDWFPWGEEAFEKAKRENKPVLVSIGYSTCHWCHVMAHESF  1 
M.thermoautotrophicum    (   16) YLLQHAHNPVNWYPWGDDAFRKALAERKPIFLSIGYSTCHWCHVMARESF  1 
D.radiodaurans           (   26) YLLQHQDNPVDWWPWSPEAFAEARQRDVPVLLSVGYSTCHWCHVMAHESF  1 
A.pernix                 (   13) YLRQHSCDPVDWMPWGAEAFEKARRLDKPVFVSVGYSSCHWCHVMQRESF  1 
A.fulgidus               (   12) YLRKAANQPVEWFEWGEEAFAKAKKEDKPILLSIGGVWCHWCHVMAKESF  1 
M.tuberculosis           (   19) YLRQHADNPVHWQQWTPQALAEAAARAVPILLSVGYAACHWCHVMAHESF  1 
//

Motif 1 position-specific scoring matrix

log-odds matrix: alength= 20 w= 50 n= 7449 bayes= 9.29983 E= 7.7e-351 
  -629   -449   -625   -694   -206   -567   -359   -500   -600   -514   -501   -484   -573   -506   -576   -554   -548   -544   -305    466 
  -458   -330   -584   -554   -253   -540   -465   -136   -481    318   -111   -465   -478   -381   -468   -473   -379   -241   -419   -408 
  -440   -354   -560   -493   -281   -507   -396   -178   -222    257   -165   -387   -499   -291    242   -435   -370   -281   -424   -380 
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Motif 1 position-specific probability matrix

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P N
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.

B.subtilis	79	6.10e-56	`EEIARLLNER`		`F`	`V`	`A`	`I`	`K`	`V`	`D`	`R`	`E`	`E`	`R`	`P`	`D`	`V`	`D`	`S`	`V`	`Y`	`M`	`R`	`I`	`C`	`Q`	`L`	`M`	`T`	`G`	`Q`	`G`	`G`	`W`	`P`	`L`	`N`	`V`	`F`	`I`	`T`	`P`	`D`	`Q`	`K`	`P`	`F`	`Y`	`A`	`G`	`T`	`Y`	`F`	`PKTSKFNRPG`
D.radiodaurans	88	9.51e-56	`ERTAAFMNAH`		`F`	`V`	`N`	`I`	`K`	`V`	`D`	`R`	`E`	`E`	`R`	`P`	`D`	`V`	`D`	`A`	`V`	`Y`	`M`	`A`	`A`	`T`	`Q`	`A`	`L`	`T`	`G`	`Q`	`G`	`G`	`W`	`P`	`M`	`T`	`V`	`F`	`L`	`T`	`P`	`D`	`A`	`E`	`P`	`F`	`Y`	`A`	`G`	`T`	`Y`	`F`	`PPQEGMGMPS`
M.thermoautotrophicum	78	3.77e-52	`PEIADILNRD`		`F`	`V`	`S`	`V`	`K`	`V`	`D`	`R`	`E`	`E`	`R`	`P`	`D`	`I`	`D`	`A`	`I`	`Y`	`M`	`R`	`V`	`C`	`Q`	`M`	`M`	`T`	`G`	`A`	`G`	`G`	`W`	`P`	`L`	`T`	`I`	`I`	`M`	`T`	`P`	`E`	`G`	`E`	`P`	`F`	`F`	`A`	`G`	`T`	`Y`	`F`	`PPEDRGGVPG`
A.aeolicus	77	1.56e-51	`PEIAEILNNY`		`F`	`V`	`P`	`I`	`K`	`V`	`D`	`R`	`E`	`E`	`R`	`P`	`D`	`V`	`D`	`A`	`F`	`Y`	`M`	`S`	`V`	`C`	`Q`	`A`	`M`	`T`	`G`	`T`	`G`	`G`	`W`	`P`	`L`	`T`	`I`	`I`	`M`	`T`	`P`	`D`	`K`	`E`	`P`	`F`	`F`	`A`	`G`	`T`	`Y`	`I`	`PKEGMFGRPG`
M.tuberculosis	81	3.92e-51	`DEVAAAMNAG`		`F`	`V`	`C`	`I`	`K`	`V`	`D`	`R`	`E`	`E`	`R`	`P`	`D`	`I`	`D`	`A`	`V`	`Y`	`M`	`N`	`A`	`T`	`V`	`A`	`L`	`T`	`G`	`Q`	`G`	`G`	`W`	`P`	`M`	`T`	`C`	`F`	`L`	`T`	`P`	`N`	`G`	`R`	`P`	`F`	`F`	`C`	`G`	`T`	`Y`	`Y`	`PKAAFLQLLS`
H.sapiens	134	3.92e-51	`EEIGRLLSED`		`F`	`V`	`S`	`V`	`K`	`V`	`D`	`R`	`E`	`E`	`R`	`P`	`D`	`V`	`D`	`K`	`V`	`Y`	`M`	`T`	`F`	`V`	`Q`	`A`	`T`	`S`	`S`	`G`	`G`	`G`	`W`	`P`	`M`	`N`	`V`	`W`	`L`	`T`	`P`	`N`	`L`	`Q`	`P`	`F`	`V`	`G`	`G`	`T`	`Y`	`F`	`PPEDGLTRVG`
A.thaliana	232	4.39e-51	`EEVAKLLNNS`		`F`	`V`	`S`	`I`	`K`	`V`	`D`	`R`	`E`	`E`	`R`	`P`	`D`	`V`	`D`	`K`	`V`	`Y`	`M`	`S`	`F`	`V`	`Q`	`A`	`L`	`Y`	`G`	`G`	`G`	`G`	`W`	`P`	`L`	`S`	`V`	`F`	`L`	`S`	`P`	`D`	`L`	`K`	`P`	`L`	`M`	`G`	`G`	`T`	`Y`	`F`	`PPNDNYGRPG`
C.elegans	89	1.09e-50	`EATAKILNDN`		`F`	`V`	`A`	`I`	`K`	`V`	`D`	`R`	`E`	`E`	`R`	`P`	`D`	`V`	`D`	`K`	`L`	`Y`	`M`	`A`	`F`	`V`	`V`	`A`	`S`	`S`	`G`	`H`	`G`	`G`	`W`	`P`	`M`	`S`	`V`	`F`	`L`	`T`	`P`	`D`	`L`	`H`	`P`	`I`	`T`	`G`	`G`	`T`	`Y`	`F`	`PPDDNRGMLG`
A.fulgidus	74	1.10e-49	`EEIAEMINRN`		`F`	`V`	`A`	`I`	`K`	`V`	`D`	`R`	`D`	`E`	`R`	`P`	`D`	`I`	`D`	`K`	`R`	`Y`	`Q`	`E`	`F`	`V`	`M`	`A`	`T`	`T`	`G`	`S`	`G`	`G`	`W`	`P`	`L`	`T`	`V`	`F`	`L`	`T`	`P`	`D`	`G`	`K`	`P`	`F`	`F`	`G`	`G`	`T`	`Y`	`F`	`PPEDRYHLPG`
D.melanogaster	148	1.61e-47	`PETAAIMNEN`		`F`	`V`	`N`	`I`	`K`	`V`	`D`	`R`	`E`	`E`	`R`	`P`	`D`	`I`	`D`	`K`	`I`	`Y`	`M`	`Q`	`F`	`L`	`L`	`M`	`S`	`K`	`G`	`S`	`G`	`G`	`W`	`P`	`M`	`S`	`V`	`W`	`L`	`T`	`P`	`T`	`L`	`A`	`P`	`L`	`V`	`A`	`G`	`T`	`Y`	`F`	`PPKSRYGMPS`
A.pernix	75	1.51e-43	`PMVAEVLNRA`		`F`	`V`	`M`	`V`	`K`	`V`	`D`	`R`	`E`	`E`	`R`	`P`	`D`	`V`	`D`	`T`	`L`	`L`	`M`	`R`	`Y`	`C`	`A`	`I`	`A`	`S`	`G`	`S`	`C`	`G`	`W`	`P`	`L`	`N`	`V`	`L`	`L`	`T`	`P`	`D`	`G`	`K`	`P`	`F`	`Y`	`V`	`A`	`T`	`Y`	`L`	`PKESLVALAV`

Motif 2 block diagrams

Name

Lowest
p-value

Motifs

B.subtilis

6.1e-56

D.radiodaurans

9.5e-56

M.thermoautotrophicum

3.8e-52

A.aeolicus

1.6e-51

M.tuberculosis

3.9e-51

H.sapiens

3.9e-51

A.thaliana

4.4e-51

C.elegans

1.1e-50

A.fulgidus

1.1e-49

D.melanogaster

1.6e-47

A.pernix

1.5e-43

SCALE

\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|	\|
1	25	50	75	100	125	150	175	200	225	250	275	300	325	350	375	400	425	450	475	500	525	550	575	600	625	650	675	700	725	750	775	800	825	850

Motif 2 in BLOCKS format

BL   MOTIF 2 width=50 seqs=11
B.subtilis               (   79) FVAIKVDREERPDVDSVYMRICQLMTGQGGWPLNVFITPDQKPFYAGTYF  1 
D.radiodaurans           (   88) FVNIKVDREERPDVDAVYMAATQALTGQGGWPMTVFLTPDAEPFYAGTYF  1 
M.thermoautotrophicum    (   78) FVSVKVDREERPDIDAIYMRVCQMMTGAGGWPLTIIMTPEGEPFFAGTYF  1 
A.aeolicus               (   77) FVPIKVDREERPDVDAFYMSVCQAMTGTGGWPLTIIMTPDKEPFFAGTYI  1 
M.tuberculosis           (   81) FVCIKVDREERPDIDAVYMNATVALTGQGGWPMTCFLTPNGRPFFCGTYY  1 
H.sapiens                (  134) FVSVKVDREERPDVDKVYMTFVQATSSGGGWPMNVWLTPNLQPFVGGTYF  1 
A.thaliana               (  232) FVSIKVDREERPDVDKVYMSFVQALYGGGGWPLSVFLSPDLKPLMGGTYF  1 
C.elegans                (   89) FVAIKVDREERPDVDKLYMAFVVASSGHGGWPMSVFLTPDLHPITGGTYF  1 
A.fulgidus               (   74) FVAIKVDRDERPDIDKRYQEFVMATTGSGGWPLTVFLTPDGKPFFGGTYF  1 
D.melanogaster           (  148) FVNIKVDREERPDIDKIYMQFLLMSKGSGGWPMSVWLTPTLAPLVAGTYF  1 
A.pernix                 (   75) FVMVKVDREERPDVDTLLMRYCAIASGSCGWPLNVLLTPDGKPFYVATYL  1 
//

Motif 2 position-specific scoring matrix

log-odds matrix: alength= 20 w= 50 n= 7449 bayes= 10.9361 E= 1.4e-285 
  -413   -228   -494   -515    435   -491   -414   -228   -468   -224   -241   -402   -432   -440   -502   -356   -405   -299   -254   -113 
  -293   -240   -517   -524   -398   -491   -465    -48   -476   -312   -290   -436   -461   -451   -479   -425   -270    394   -528   -503 
   154    237   -257   -225   -303   -235   -230   -186   -159   -279    150    211     55   -130   -230    189   -107   -177   -360   -301 
  -346   -239   -476   -490   -297   -498   -484    410   -403   -115   -111   -357   -482   -395   -469   -380   -252    188   -450   -373 
  -402   -320   -498   -474   -548   -475   -398   -358    411   -500   -397   -306   -447   -345    -80   -421   -355   -458   -455   -494 
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  -369   -324    387   -149   -436   -385   -293   -363   -379   -463   -387    -42   -457   -313   -409   -313   -347   -383   -438   -400 
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  -508   -502   -181    358   -610   -521   -470   -473   -506   -624   -538   -358   -601   -315   -557   -502   -483   -529   -603   -596 
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  -488   -338   -540   -570   -556   -486   -339   -466   -231   -522   -481   -375   -452   -309    401   -449   -439   -551   -442   -513 
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  -474   -305   -541   -565   -401   -525   -486   -210   -462   -231    526   -433   -499   -176   -536   -444   -393   -311   -360   -357 
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Motif 2 position-specific probability matrix

letter-probability matrix: alength= 20 w= 50 n= 7449 E= 1.4e-285 
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